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#!/usr/bin/perl # Questo hash associa ad ogni dinucleotide un colore (0,1,2,3) my %cs = ('AA' => 0, 'CC' => 0, 'TT' => 0, 'GG' => 0, 'CA' => 1, 'AC' => 1, 'TG' => 1, 'GT' => 1, 'AG' => 2, 'GA' => 2, 'TC' => 2, 'CT' => 2, 'TA' => 3, 'AT' => 3, 'GC' => 3, 'CG' => 3); # Qui potremmo far intervenire $ARGV[0], # ma da codepad non รจ possibile per cui mettiamo a mano # la sequenza dentro una variabile: $sequence = 'ACACGACTACTAGCTGtGTCGAacgatctacgtacgtagtcgtgtacacatttatatattttt'; $sequence = uc($sequence); # Calcolo la lunghezza della sequenza per sapere quanti cicli devo fare $length = length($sequence); # Faccio un ciclo e mi sposto di 1 ad ogni iterazione for ($position = 0; $position < $length-1; $position++) { # con questa funzione recupero 2 caratteri a partire da \$position $dinucleotide = substr($sequence, $position, 2); $color = $cs{$dinucleotide}; $encodedSequence = $encodedSequence.$color; } print " Sequence: $sequence ($length bp) Encoded: $encodedSequence ";
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